احتمالاً کوروش مقدمات امر را برای تسخیر مصر فراهم کرده بود و اقدامات وی بود که باعث شد در سال‌های بعد، ایرانیان مصر را تسخیر کنند ولی ابتدا تصمیم گرفت مرزهای شمال شرقی امپراتوری‌اش را از تاخت و تاز اقوام چادرنشین ماساگت‌ها در امان بدارد. این تاخت و تازها زیان‌ها و صدمات چشمگیری بر ایرانیان شهرنشینی که آمیخته امپراتوری هخامنشی شده بودند وارد کرده بود.
هرودوت می‌گوید که کوروش با حیله به یکی از اردوگاه‌های ماساگت حمله‌ور شد و بسیاری ساکنان آنجا را کشت؛ ولی پس از این جریان، قسمت اعظم نیروهای ماساگت تحت فرماندهی ملکه تهم‌رییش، شکست سنگینی بر ایرانیان وارد آوردند و کوروش کشته شد. ماساگت‌ها سر بریده کوروش را در کیسه‌ای انداختند و آن کیسه پر از خون شده بود. هرودوت می‌نویسد این نبرد شدیدترین نبردهایی است که «بربر» ها در آن شرکت جسته‌اند. البته هردوت می‌گوید که دربارهٔ مرگ کوروش حکایات زیادی وجود دارد و روایتی که من ذکر کردم به حقیقت نزدیک‌تر است. در نتیجه معلوم می‌شود که خود هرودوت هم از صحت این روایت مطمئن نبوده‌است. بنابر گزارش مورخین یونانی، کوروش در جنگ با ماساگت‌ها ۲۰۰ هزار مرد جنگی را از دست داد که اغراق آشکاری است.
از نگاه داندامایف داستان‌های روایت شده توسط مورخین یونانی بیشتر از آنکه شرح یک رویداد واقعی باشند، رنگ و بوی یک رمان را دارند. اگرچه حقیقت دقیق مرگ کوروش را نمی‌دانیم، اما مشخص است که او در پاسارگارد دفن شده‌است. این حقیقت ممکن است گفته‌های هرودوت را دروغ جلوه دهد اما ممکن است جنازهٔ کوروش از دشمن پس گرفته شده و به پایتخت آورده شده باشد. ریچارد فرای می‌گوید احتمالاً داستان هرودوت ساختگی است، اما گرفتن آسیای میانه توسط کوروش صحیح است زیرا دورترین شهری که در سغد وجود دارد، سایرس‌چَتا (سایروپولیس) نام دارد که گستردگی فتوحات شرقی او را ثابت می‌کند. کتزیاس می‌گوید که کمبوجیه باگاپاتس – یکی از درباریان – را همراه جسد کوروش به مراسم دفن فرستاده‌است.
انتقال جسد کوروش، یکی دیگر از نشانه‌های نادرست بودن جنگ کوروش با ماساگت‌هاست؛ زیرا اگر ملکه تهم‌رییش، کوروش را کشته و سر او را برده باشد، چگونه هخامنشیان توانسته‌اند با سپاهی شکست‌خورده جسد را از آنان پس بگیرند و آن را به درون قسمت‌های داخلی ایران وارد کنند؟
